MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp17

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017410	AT	3	6	6002	6007	50 %	50 %	0 %	0 %	387826737
2	NC_017410	ATTA	2	8	6068	6075	50 %	50 %	0 %	0 %	387826737
3	NC_017410	TCTA	2	8	6081	6088	25 %	50 %	0 %	25 %	387826737
4	NC_017410	AATC	2	8	6145	6152	50 %	25 %	0 %	25 %	387826737
5	NC_017410	A	7	7	6164	6170	100 %	0 %	0 %	0 %	387826737
6	NC_017410	AATG	2	8	6215	6222	50 %	25 %	25 %	0 %	387826737
7	NC_017410	TCA	2	6	6275	6280	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826737
8	NC_017410	AT	3	6	6286	6291	50 %	50 %	0 %	0 %	387826737
9	NC_017410	CAAT	2	8	6330	6337	50 %	25 %	0 %	25 %	387826737
10	NC_017410	T	7	7	6372	6378	0 %	100 %	0 %	0 %	387826737
11	NC_017410	ATA	2	6	6459	6464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826737
12	NC_017410	TTA	2	6	6487	6492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826737
13	NC_017410	GAT	2	6	6503	6508	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826737
14	NC_017410	GAA	2	6	6545	6550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826737
15	NC_017410	AAGGG	2	10	6565	6574	40 %	0 %	60 %	0 %	387826737
16	NC_017410	TTA	2	6	6612	6617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826737
17	NC_017410	CCA	2	6	6777	6782	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387826738
18	NC_017410	ATC	2	6	6806	6811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826738
19	NC_017410	TTA	2	6	6834	6839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826738
20	NC_017410	CAT	2	6	6853	6858	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826738
21	NC_017410	TGC	2	6	6881	6886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826738
22	NC_017410	TAT	2	6	6889	6894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826738
23	NC_017410	CAA	2	6	6907	6912	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826738
24	NC_017410	ATA	2	6	6936	6941	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826738
25	NC_017410	T	7	7	6966	6972	0 %	100 %	0 %	0 %	387826738
26	NC_017410	TGT	2	6	6983	6988	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826738
27	NC_017410	TAA	2	6	7026	7031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826738
28	NC_017410	ACA	2	6	7032	7037	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826738
29	NC_017410	TTA	2	6	7090	7095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826738
30	NC_017410	CTAA	2	8	7137	7144	50 %	25 %	0 %	25 %	387826738
31	NC_017410	AAT	2	6	7219	7224	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826738
32	NC_017410	A	8	8	7302	7309	100 %	0 %	0 %	0 %	387826738
33	NC_017410	AAAAT	2	10	7314	7323	80 %	20 %	0 %	0 %	387826738
34	NC_017410	AAAT	2	8	7330	7337	75 %	25 %	0 %	0 %	387826738
35	NC_017410	ATT	2	6	7596	7601	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826739
36	NC_017410	TACT	2	8	7604	7611	25 %	50 %	0 %	25 %	387826739
37	NC_017410	A	6	6	7616	7621	100 %	0 %	0 %	0 %	387826739
38	NC_017410	A	7	7	7623	7629	100 %	0 %	0 %	0 %	387826739
39	NC_017410	A	6	6	7675	7680	100 %	0 %	0 %	0 %	387826739
40	NC_017410	CAAA	2	8	7686	7693	75 %	0 %	0 %	25 %	387826739
41	NC_017410	ATT	2	6	7734	7739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826739
42	NC_017410	GAA	2	6	7827	7832	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826739
43	NC_017410	ATG	2	6	7854	7859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826739
44	NC_017410	AGAAA	2	10	7947	7956	80 %	0 %	20 %	0 %	387826739
45	NC_017410	TAT	2	6	7979	7984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826739
46	NC_017410	A	6	6	7985	7990	100 %	0 %	0 %	0 %	387826739
47	NC_017410	AAC	2	6	8022	8027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826739
48	NC_017410	AAC	2	6	8165	8170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826739
49	NC_017410	GAA	2	6	8208	8213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826739
50	NC_017410	TCAAA	2	10	8229	8238	60 %	20 %	0 %	20 %	387826739
51	NC_017410	CAA	2	6	8249	8254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826739
52	NC_017410	A	6	6	8260	8265	100 %	0 %	0 %	0 %	387826739
53	NC_017410	TGAGAA	2	12	8291	8302	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	387826739
54	NC_017410	TCT	2	6	8329	8334	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826739
55	NC_017410	AGAA	2	8	8336	8343	75 %	0 %	25 %	0 %	387826739
56	NC_017410	T	6	6	8348	8353	0 %	100 %	0 %	0 %	387826739
57	NC_017410	TTA	2	6	8445	8450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826739
58	NC_017410	A	8	8	8464	8471	100 %	0 %	0 %	0 %	387826739
59	NC_017410	ATT	2	6	8519	8524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826739
60	NC_017410	AT	3	6	8730	8735	50 %	50 %	0 %	0 %	387826740
61	NC_017410	AGA	2	6	8737	8742	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826740
62	NC_017410	A	6	6	8780	8785	100 %	0 %	0 %	0 %	387826740
63	NC_017410	AGA	2	6	8836	8841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826740
64	NC_017410	AGA	2	6	8870	8875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826740
65	NC_017410	GAAA	2	8	8899	8906	75 %	0 %	25 %	0 %	387826740
66	NC_017410	CAATT	2	10	8907	8916	40 %	40 %	0 %	20 %	387826740
67	NC_017410	A	8	8	8932	8939	100 %	0 %	0 %	0 %	387826740
68	NC_017410	A	6	6	8983	8988	100 %	0 %	0 %	0 %	387826740
69	NC_017410	GATAA	2	10	9154	9163	60 %	20 %	20 %	0 %	387826741
70	NC_017410	ATA	2	6	9166	9171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
71	NC_017410	A	6	6	9177	9182	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
72	NC_017410	TAA	2	6	9201	9206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
73	NC_017410	AGA	2	6	9219	9224	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826741
74	NC_017410	A	7	7	9242	9248	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
75	NC_017410	A	7	7	9304	9310	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
76	NC_017410	ACAA	2	8	9362	9369	75 %	0 %	0 %	25 %	387826741
77	NC_017410	TAA	2	6	9426	9431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
78	NC_017410	ATA	2	6	9446	9451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
79	NC_017410	A	7	7	9451	9457	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
80	NC_017410	ATCA	2	8	9459	9466	50 %	25 %	0 %	25 %	387826741
81	NC_017410	ATT	2	6	9486	9491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826741
82	NC_017410	TAA	2	6	9509	9514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
83	NC_017410	TA	3	6	9562	9567	50 %	50 %	0 %	0 %	387826741
84	NC_017410	CAAAA	2	10	9568	9577	80 %	0 %	0 %	20 %	387826741
85	NC_017410	ATT	2	6	9601	9606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826741
86	NC_017410	TAA	2	6	9618	9623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
87	NC_017410	A	7	7	9649	9655	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
88	NC_017410	CAA	2	6	9681	9686	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826741
89	NC_017410	A	6	6	9708	9713	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
90	NC_017410	ATAA	2	8	9781	9788	75 %	25 %	0 %	0 %	387826741
91	NC_017410	A	7	7	9806	9812	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
92	NC_017410	ATAA	2	8	9823	9830	75 %	25 %	0 %	0 %	387826741
93	NC_017410	CAA	2	6	9918	9923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387826741
94	NC_017410	A	6	6	9926	9931	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
95	NC_017410	TA	3	6	9934	9939	50 %	50 %	0 %	0 %	387826741
96	NC_017410	AGA	2	6	9981	9986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826741
97	NC_017410	A	7	7	10045	10051	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
98	NC_017410	GAT	2	6	10056	10061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826741
99	NC_017410	ACAAA	2	10	10076	10085	80 %	0 %	0 %	20 %	387826741
100	NC_017410	A	6	6	10106	10111	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
101	NC_017410	A	7	7	10117	10123	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
102	NC_017410	TAAA	2	8	10130	10137	75 %	25 %	0 %	0 %	387826741
103	NC_017410	A	7	7	10143	10149	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
104	NC_017410	ATT	2	6	10186	10191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826741
105	NC_017410	A	6	6	10199	10204	100 %	0 %	0 %	0 %	387826741
106	NC_017410	T	6	6	10217	10222	0 %	100 %	0 %	0 %	387826741
107	NC_017410	AAAATT	2	12	10252	10263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826741
108	NC_017410	AATT	2	8	10270	10277	50 %	50 %	0 %	0 %	387826741
109	NC_017410	ATCA	2	8	10486	10493	50 %	25 %	0 %	25 %	387826742
110	NC_017410	T	7	7	10494	10500	0 %	100 %	0 %	0 %	387826742
111	NC_017410	AT	3	6	10507	10512	50 %	50 %	0 %	0 %	387826742
112	NC_017410	GAA	2	6	10551	10556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826742
113	NC_017410	TAT	3	9	10570	10578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826742
114	NC_017410	TTTGA	2	10	10589	10598	20 %	60 %	20 %	0 %	387826742
115	NC_017410	T	6	6	10619	10624	0 %	100 %	0 %	0 %	387826742
116	NC_017410	AT	3	6	10653	10658	50 %	50 %	0 %	0 %	387826742
117	NC_017410	TTAT	2	8	10701	10708	25 %	75 %	0 %	0 %	387826742
118	NC_017410	TAA	2	6	10730	10735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826742
119	NC_017410	A	6	6	10734	10739	100 %	0 %	0 %	0 %	387826742
120	NC_017410	ATA	2	6	10753	10758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826742
121	NC_017410	TTTC	2	8	10787	10794	0 %	75 %	0 %	25 %	387826742
122	NC_017410	ATT	2	6	10806	10811	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826742
123	NC_017410	ATT	2	6	10875	10880	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826742
124	NC_017410	T	6	6	11648	11653	0 %	100 %	0 %	0 %	387826743
125	NC_017410	T	6	6	11673	11678	0 %	100 %	0 %	0 %	387826743
126	NC_017410	TAG	2	6	11696	11701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826743
127	NC_017410	TGT	2	6	11704	11709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826743
128	NC_017410	TTG	2	6	11728	11733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826743
129	NC_017410	TTA	2	6	11761	11766	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826743
130	NC_017410	T	9	9	11770	11778	0 %	100 %	0 %	0 %	387826743
131	NC_017410	ATT	2	6	11815	11820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826743
132	NC_017410	TCT	2	6	11836	11841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826743
133	NC_017410	T	6	6	11865	11870	0 %	100 %	0 %	0 %	387826743
134	NC_017410	ATA	2	6	11895	11900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826743
135	NC_017410	GTTTT	2	10	11917	11926	0 %	80 %	20 %	0 %	387826743
136	NC_017410	TCG	2	6	11929	11934	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826743
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138	NC_017410	T	6	6	11981	11986	0 %	100 %	0 %	0 %	387826743
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.